Ustaz Tengku Zulkarnain diketahui telah dirawat di rumah sakit karena terpapar COVID-19 sejak 2 Mei 2021. Keberadaan Tengku Zulkarnain di Pekanbaru dalam rangka Safari Ramadan 1442 Hijriah.
Jenazah Ustaz Tengku Zulkarnaen dikebumikan di pemakaman khusus Covid-19, Palas, Kota Pekanbaru, Riau.
